Pinedjem II là con trai của Đại tư tế Menkheperre và công chúa Isetemkheb C, con gái của pharaon Psusennes I[1][2]. Psusennes I và Menkheperre lại là anh em ruột với nhau (đều là con của Pinedjem I), tức Menkheperre đã lấy cháu gái của mình làm vợ. Pinedjem II có hai người vợ được chứng thực rõ ràng, là:

• Isetemkheb D, chị em ruột với ông. Bà được đặt theo tên của mẹ là Isetemkheb C. Những người con (có lẽ) do bà sinh:
  • Psusennes II, pharaon cuối cùng của Vương triều thứ 21[1][3].
  • Harweben và Maatkare[4], hai nữ tư tế Amun, đều được chôn tại Bab el-Gasus[5].
  • Henuttawy, cũng là nữ tư tế Amun, chỉ được biết qua vài tượng shabti[6].
• Neskhons, vợ thứ, là con gái của Smendes II. Smendes II cũng là một người anh em với Pinedjem II, vì vậy Neskhons là cháu gái của Pinedjem[7]. Tên 4 người con của Neskhons với Pinedjem II được tìm thấy trên một tấm gỗ trong quan tài của bà.
  • 2 con trai: Tjanefer và Masaharta[8].
  • 2 con gái: Itawy and Nesitanebetashru[8]. Xác ướp và quan tài của Nesitanebetashru được phát hiện trong ngôi mộ DB320 cùng với mẹ[9].

Pinedjem II tự nhận là con trai của Đại tư tế Pinedjem I, theo một vài dòng văn tự cổ, nhưng đó có thể chỉ là một phép ẩn dụ nhằm ám chỉ việc kế thừa vị trí Đại tư tế hợp pháp của ông[1].